1、由国家工商局商标局来认定：根据《驰名商标认定和保护规定》第四条第一款规定：“当事人认为他人经初步审定并公告的商标违反商标法第十三条规定的，可以依据商标法及其实施条例的规定向商标局提出异议，并提交证明其商标驰名的有关材料。”《驰名商标认定和保护规定》第五条规定：“在商标管理工作中，当事人认为他人使用的商标属于商标法第十三条规定的情形，请求保护其驰名商标的，可以向案件发生地的市(地、州)以上工商行政管理部门提出禁止使用的书面请求，并提交证明其商标驰名的有关材料。同时，抄报其所在地省级工商行政管理部门。”即如果通过商标异议案件来申请认定驰名商标，或者是在商标管理过程中申请驰名商标，应当由国家工商局商标局来认定。

     2、国家工商局商标评审委员会来认定：《驰名商标认定和保护规定》第四条第二款规定：“当事人认为他人已经注册的商标违反商标法第十三条规定的，可以依据商标法及其实施条例的规定向商标评审委员会请求裁定撤销该注册商标，并提交证明其商标驰名的有关材料。”也就是说，如果通过商标争议案件来申请驰名商标，应当向国家工商局商标评审委员会提出申请。

     3、向法院申请：除了通过商标异议和商标争议两种方式申请的外，其他都可以向法院提出申请认定驰名商标，并且一般只有中级以上的法院才可以认定。